1）肉製品的生鲜食品溯源DNA溯源技術

DNA溯源技術的產生源於DNA的遺傳與變異。基因組DNA承擔著物種延續的动物使命，其存在是全程相對穩定的。然而，系统為了更好地適應環境的建立變化，它又必然要發生一定的生鲜食品溯源改變。因此每個個體所擁有的动物DNA序列是獨一無二的，通過分子生物學方法所顯示出來的全程DNA圖譜也就獨一無二，於是系统可以把DNA作為像指紋那樣的獨特特征來識別不同的個體。DNA指紋除了具有指紋所能行使的建立功能以外，還具有DNA的生鲜食品溯源遺傳性，因此通過對DNA指紋的动物鑒定就可以判斷兩個個體之間的親緣關係，而不僅僅是全程分辨個體差異。針對這一特征，系统DNA指紋鑒定早已作為一種法醫學物證分析方法運用到人類的建立刑事案件偵破以及親子鑒定中。同樣，DNA指紋鑒定也適用於肉製品的溯源乃至所有食品的溯源。個體的DNA指紋圖譜通過分子標記來構建。分子標記是以個體間遺傳物質內核苷酸序列變異為基礎的遺傳標記，是DNA序列特異性的直接反映，主要有AFLP標記(擴增片段長度多態性）、SSR標記（微衛星標記）和SNP標記（單核苷酸多態性）等。

2）基於AFLP標記的DNA溯源技術

1993年荷蘭科學家Zbaeau和Vos將RFLP的可靠性和RAPD的簡便性結合起來，創立了AFLP技術。其基本原理是先利用限製性內切酶水解基因組DNA產生不同大小的DNA片段，再使雙鏈人工接頭的酶切片段相邊接作為擴增反應的模板DNA，然後以人工接頭的互補鏈為引物進行預擴增，最後在接頭互補鏈的基礎上添加1～3個選擇性核苷酸作引物對模板DNA基因再進行選擇性擴增，通過聚丙烯酰胺凝膠電泳分離檢測獲得的DNA擴增片段，根據擴增片段長度的不同檢測出多態性。引物由三部分組成：與人工接頭互補的核心堿基序列、限製性內切酶識別序列、引物3’端的選擇堿基序列（1～10bp），接頭與接頭相鄰的酶切片段的幾個堿基序列為結合位點。該技術的獨特之處在於所用的專用引物可在知道DNA信息的前提下就可對酶切片段進行PCR擴增。為使酶切濃度分布均勻，一般采用兩個限製性內切酶，一個酶為多切點，另一個酶切點數較少，因而AFLP分析產生的主要是由兩個酶共同酶切的片段。

3）基於SSR標記的DNA溯源技術

Moore於1991年結合PCR技術創立了SSR技術。SSR也稱簡單重複序列，其串聯重複的核心序列為l～6bp，長度一般較短，其中最常見的是雙核苷酸重複，即（CA）。和（TG）n每個微衛星DNA的核心序列結構相同，重複單位數目10～60個，其高度多態性主要來源於串聯數目的不同，廣泛分布於基因組的不同位置。不同遺傳材料重複次數的可變性，導致了SSR長度的高度變異性，這一變異性正是SSR標記產生的基礎。SSR標記的基本原理：根據微衛星序列兩端互補序列設計引物，通過PCR反應擴增微衛星片段，由於核心序列串聯重複數目不同，因而能夠用PCR的方法擴增出不同長度的PCR產物，經凝膠電泳得到個體的DNA指紋。

4）基於SNP標記的DNA溯源技術

SNP標記是美國學者LanderE於1996年提出的第三代DNA遺傳標記。SNP是指基因組同一位點上單個核苷酸的變異，包括置換、顛換、缺失和插入。SNP即從理論上來說每一個SNP位點都可以有4種不同的變異形式，但實際上發生的隻有2種，即轉換和顛換，二者之比為2:1，並且大部分表現為二等位基因，非此即彼。從分子水平上對單個核苷酸的差異進行檢測，SNP標記可幫助區分兩個個體遺傳物質的差異。AFLP標記技術具有分辨率高、穩定性好、效率高的優點。但它的技術費用昂貴，對內切酶的質量和DNA的純度要求很高，需要盡可能完整的DNA，基因組DNA的斷裂會造成誤差。SSR標記具有呈共顯性遺傳、可區分雜合子和純合子、所需DNA量少等優點。但在采用SSR技術時必須知道重複序列兩端的DNA序列的信息，如不能直接從DNA數據庫查尋，則首先必須對其進行測試。而且SSR標記的等位基因數目多、帶型複雜，難以判斷，給DNA指紋識別自動化和規模化帶來困難。SNP標記，在基因組中分布相當廣泛，研究表明在每300堿基對就出現一次，而且一般來說是雙等位基因，易於判型，適於快速、規模化篩查，並且對DNA質量要求不高。

5）基於DNA技術的大型動物個體識別方案設計

在大型動物養殖環節或在出生時，按規定編上耳標編碼，並將耳標編碼與該個體的出生信息、飼料信息、獸藥信息、免疫信息和轉出信息進行關聯。

在屠宰環節，由於目前屠宰場普遍采用將若幹頭（如50頭）作為一批進行屠宰，屠宰之前將該批次需要屠宰的所有個體進行血液取樣，按照耳標編碼進行編號，保存。在這個過程中，我們給予這50頭一個屠宰批號，在進入後麵的分割包裝環節中，在原有屠宰批次號的基礎上添加分割肉產品種類編號。如果終產品（一塊肉）發生安全問題，可以通過食品包裝袋上的食品安全碼查詢到動物在屠宰時的所屬批次號。通過此批次號，能夠找到該批對應的50個個體的血樣編碼。通過比對終產品和血樣的DNA指紋，可查詢到待識別的食品來源於養殖環節的某一個個體，找到食品汙染的關鍵節點，實現肉類食品的跟蹤溯源。

2、生鮮動物食品溯源案例

（1）工廠化豬肉安全生產溯源數字係統

應用動物個體標識、二維條碼、RFID射頻電子標識和一維條碼標簽技術，將網絡技術和數據庫技術與傳統的養豬業和屠宰加工業結合，構建了一種適合我國國情的肉用豬和豬肉安全質量監控的可追溯係統。該係統已在南京天環集團實現應用。

1）係統構成

工廠化豬肉安全生產溯源數字化係統包括豬肉個體標識、中央數據庫和信息傳遞係統及肉用豬流動登記3個基本要素。它由生豬養殖、屠宰加工和豬肉銷售3個模塊組成，如圖3-50所示。

2）個體標識

根據2002年農業部《動物免疫標識管理辦法》和我國國情，在保留原塑料耳標中數字編碼的基礎上，增加了與數字編碼一致的二維條形碼（Datamatrix），並采用豬個體標識打耳標法。此方法與原塑料耳標相比，提高了耳標的自動識別水平。

3）數據集成技術

經過生豬放血、去頭、剝皮、劈半、冷庫預冷、直到超市銷售等一係列的生產加工流通環節，原先的一頭完整的生豬早已大卸八塊，如何跟蹤標識信息，並與胴體形成一個信息鏈路是一個重要技術關鍵。工廠化豬肉安全生產溯源數字係統的集成，為動物個體標識、條形碼、RFID射頻電子標識、數據庫和網絡應用等技術提供一個支撐環境。係統分布於豬肉生產的全過程，承擔信息的收集、顯示、存儲、轉換和傳遞等功能。通過在數據級別上綜合和集成，將各子係統緊密連接，統一在應用框架上按生產需要連接、配置和整合。

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